肛窦炎、肛乳头炎这两种病的治疗比较简便，只要早检查、早治疗，就能防止不良后果的发生。
①保守疗法：可以热盐水坐浴局部，使局部保持清洁，并可用庆大霉素和甲硝唑液体20-30毫升保留灌肠，每日2次。
也可以使用各种痔疮栓和痔疮膏。
同时可口服抗生素，治疗引起该病的腹泻等肠道感染；或使用缓泻剂，使粪便排泄正常，如麻仁润肠丸等。
由于肛窦的解剖及生理特点，其窦口向上，积存的粪便残渣及脓汁不能完全排出，多不能完全治愈，只能减轻症状。
②手术疗法：局麻下，完全切除肛乳头，以及病变的肛窦炎，无明显出血者，可不作结扎，只须压迫止血即可。
③封闭疗法：局麻下，用亚甲蓝家布比卡因溶液作粘膜和皮肤封闭。
对术后患者，应每天热盐水坐浴，口服润肠通便的药物，防止大便干燥，影响伤口愈合。同时，在3～5日后以指扩张肛管，以免伤口粘连。
对伴有肛门梳硬结的老年人，在手术时当一并切开。