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黄连素为中药黄连、黄柏或三颗针中提取的有效成分，又名小蘖碱。黄连素的抗菌能力颇强，体外试验表明它的抗菌谱十分广泛，临床上主要用于治疗消化系统感染，如急性胃肠炎、痢疾等。近年来发现了黄连素治疗心血管疾病有良效。
抗心律失常
心律失常通常表现为心跳的节律变得不匀齐，或心跳的频率过快、过慢等。新近发现黄连素具有抗心律失常的作用，能够治疗多种类型的心律紊乱，而且对心率、血压、肝肾功能、血象无不良影响。绝大多数抗心律失常药物都具有减弱心肌收缩力的缺点，而黄连素则能加强心肌的收缩力，因此，可用盐酸小檗碱治疗。如对多种心动过速患者，每次口服0.3~0.6克，一天四次，2~4个星期为一个疗程。一般7天左右奏效，总有效率为78%。也可用于肺性心律失常或伴有心力衰竭的室性心律失常患者。
抗心力衰竭
当心脏由于心肌收缩力减弱，不能将静脉回流的血液全部送入动脉时，就会造成血液淤滞，心排血量降低，难以满足组织代谢的需要。可在餐前服用盐酸小檗碱来治疗，每次0.4~0.6克，一天三次。一般1~5天见效，总有效率为71%。但急症、重症病人仍需送医院诊治。
抗血小板聚集
不少老年人常因血栓形成而导致瘫痪，甚至危及生命。其主要原因为血小板聚集率较高之故。可服盐酸小檗碱治疗，每次0.3克，一天四次，2~4个星期为一个疗程，总有效率为95%。因为盐酸小檗碱能增加血小板内核苷酸的含量，从而达到抑制血小板聚集的目的。
治原发性高血压
由于外界强烈刺激长期反复作用于大脑皮质，引起精神紧张、情绪激动、导致大脑皮质的功能失调，因而皮质下血管舒缩中枢的功能发生紊乱，以致全身小动脉收缩，而是血压升高。此时可服盐酸小檗碱治疗，每次0.3~0.6克，一天三四次，4个星期为一个疗程，一般3~6天见效，总有效率为81%，优于复方降压片。这可能是由于该药能通过抗胆碱酯酶增强乙酰胆碱作用，扩张血管所致。
治糖尿病
糖尿病是由于体内胰岛素分泌不足而引起的一种糖代谢紊乱疾病，也可服用盐酸小檗碱治疗。每次0.3~0.5克，一天三次，一至三个月为一个疗程。待血糖恢复正常，需继续每次服0.3克，一天三次，两三个月停服一个星期，再维持治疗，总有效率为91%。其治疗作用除与该药具有抗升糖激素作用有关外，还与该药能促进胰岛细胞再生功能恢复有关。
用于心血管狭窄的治疗
最近的试验发现，黄连素能抑制血管内皮增生。医生用老鼠的主动脉平滑肌细胞做试验，发现把黄连素加入细胞中，能活化T21基因，进而抑制两种蛋白，起到抑制血管平滑肌增生的效果。通常情况下，治疗心血管狭窄是使用气球扩张术和放置血管支架的方法，但半年后大约有30%~40%的病人血管平滑肌增生，导致血管再度狭窄。为减少血管再度阻塞，最新的方法是在支架上涂西药。专家认为，未来可以尝试用黄连素代替西药，涂在支架上。