药剂科是集医院药事管理、药学服务、科研科教为一体的药学专业技术部门。学科建设有药品供应、药品调剂、医院中药制剂、临床药学、质量监控等。承担全院药品的供应、调剂、临床药师制建设、药品安全性监测、处方点评、药物咨询、药品检验、药学信息技术服务等工作；承担院内中药制剂生产、检验、研发、申报及等相关工作。药剂科全科人员在院部统一领导下，做到了在科室制度建设、质量管理、服务理念等方面团结协作、踏实工作、创新工作。
医院建立以院长为主任委员，医疗管理、药学、临床医学等相关科室人员为成员的医院药事管理与药物治疗学委员会。药事管理与药物治疗学委员会下设九个质量管理小组，人员结构合理，职责明确。2013年修订与完善医院药事管理和药剂科的各项管理制度、操作规程、岗位职责等，汇编成六安市中医院《药事管理与药学部门管理规范（2013年版）》，全册共收载25条药剂科管理相关政策法规，108条药剂科管理相关制度和流程，26条药剂科各岗位职责和各类药学人员职责。制度建设为各项工作的开展提供有力的依据和保障。
药剂科架构设置有药库（包括中药饮片库、中成药库、西药库、药品核算室）、调剂室（包括中药饮片调剂室、周转库、中药煎药室、中成药和西药调剂室、静脉用药配置中心）、制剂室（包括中药制剂室、饮片炮制室、消毒液配置室）、药品检验室、临床药学室（包括药学信息室、中药安全性监测室、ADR和药害事件监测室、药物研究室）以及三个分院药学部门等。全科人员96人，其中药学人员 65人，护理人员21人，其他人员10人。高级职称5人，中级职称21人，研究生11人，本科生以上38人。
学科现设有中草药房、煎药房、中成、西药房、静脉药物调配中心、药库、临床药学室、中药制剂室、药物检验室，对各部门明确质量与安全管理评价与考核指标，制订了药学各部门质量与安全检查考核《质控标准检查评分表》，并结合实际开展标准化管理项目，不断完善考核评价指标，对医院药事管理和药学部门的各项工作起到监督、检查、改进的作用；承担省级科研课题5项；同时积极参与省内外各项药事管理、中、西药物合理应用学术活动、职业药师技能竞赛活动、参加全国中药特色技术传承人学习、参与全国第四次中药资源在本地区的普查活动、加强与医院药学界同行之间的交流，努力提高医院药事管理水平，不断促进学科更好发展。自1993年以来创办院内药学刊物《杏林医药》（原《药学通讯》）91期，对于临床医、药、护工作中安全用药、合理用药起到了宣传和沟通的桥梁作用。
于2009年建立了具有一定规模、设备完善的中药制剂中心，2010年8月获得医疗机构制剂许可证（编号：皖20100017Z）。中药制剂中心占地面积2000平方米，建筑面积1500平方米。已获得11个中药制剂品种批准文号，为医院中医药特色优势的发挥及科研科教开展提供了大力支持。
为实现药学工作的信息化、规范化管理，加强药学技术人员的岗位制度化、规范化操作培训，提高药学服务意识和专业技术能力。以患者为中心、以“安全、有效、经济、适当”合理用药为目的，加强临床药师制建设，全科努力发挥药学人员在临床中医药优势、科研科教、中西药物的合理应用中作用。